José Carrillo Menéndez nació en París en 1952. Casado y con una hija, es rector de la Universidad Complutense de Madrid, cargo para el que fue elegido en abril de 2011. Cursó estudios de Matemáticas en la Universidad de Paris VI (Université Pierre et Marie Curie). Se trasladó a Madrid en 1976 y está vinculado a la Universidad Complutense desde 1977, cuando entró con un contrato de ayudante. Se doctoró cum laude en enero de 1981, bajo la dirección de los catedráticos Jesús Ildefonso Díaz (UCM) y Haïm Brézis (Paris VI). Es catedrático de Matemática Aplicada desde 1988.
 
Como investigador, tiene cerca de cuarenta artículos publicados en revistas científicas de impacto, ha presentado ponencias y comunicaciones en congresos internacionales, ha realizado estancias en distintas universidades de Europa y de Estados Unidos y ha asumido la dirección de proyectos de investigación, tesis doctorales y un grupo de investigación complutense.
 
Uno de sus artículos, Entropy Solutions for Nonlinear Degenerate Problems, publicado en 1999 en la revista Archive for Rational Mechanic and Analysis, se encuentra entre los trabajos más citados de los realizados en la Facultad de Matemáticas de la UCM.
 
Su carrera docente ha estado vinculada a la Universidad Complutense e incluye la participación en proyectos de innovación educativa.
 
Cuenta con una extensa trayectoria en la gestión universitaria. Ha sido vicerrector de la UCM durante cuatro años: desde junio de 2003 hasta junio de 2005, como vicerrector de Innovación, Organización y Calidad; desde 2005 hasta 2007, como vicerrector de  Innovación y Espacio Europeo de Educación Superior. Durante los ocho años anteriores, de 1995 a 2003, fue decano de la Facultad de Ciencias Matemáticas, centro del que también ha sido vicedecano y director de Departamento. En 2000 fue presidente del comité de Madrid para la organización del Año Mundial de las Matemáticas.
 
En su currículo como gestor universitario destaca la puesta en funcionamiento de numerosos proyectos en la Universidad Complutense. Como vicerrector creó y puso en marcha la Oficina de Calidad y Desarrollo Estratégico, la Oficina de Integración para las Personas con Discapacidad y la Oficina de Igualdad de Género; se encargó de constituir el Comité de Seguridad y Salud y el Servicio de Prevención de Riesgos; estableció los Proyectos de Innovación y Mejora de la Calidad Docente; y en el curso 2006-2007 implantó los primeros 39 programas de máster adaptados al Espacio Europeo.
 
Las Tecnologías de la Información y de la Comunicación (TIC) constituyen un aspecto de gran relevancia en sus realizaciones como vicerrector. A su gestión se deben, entre otros logros, la creación del Campus Virtual de la UCM, herramienta de apoyo a la docencia con un altísimo nivel de uso y una de las mayores plataformas de enseñanza del mundo, y el alto grado de accesibilidad de la web de la Universidad Complutense, reconocido con premios y en los rankings específicos.

Rector de la Universidad Autónoma de Madrid (desde mayo 2002 hasta abril de 2009). Es Catedrático de Metafísica en la misma Universidad. Es profesor en la Facultad de Filosofía y Letras, donde hizo sus estudios de Licenciatura y se doctoró con una Tesis sobre Hegel, titulada "El concepto como experiencia y sistema". Ha sido Decano de dicha Facultad durante los años 1989-1992 y previamente fue Vicedecano de Profesorado durante tres años. Imparte la asignatura troncal de Metafísica, así como las materias optativas de Hermenéutica y teorías de la retórica y de Pensamiento francés contemporáneo. Se ocupa de aspectos relacionados con el problema del lenguaje y la posibilidad de pensar de otra manera y de procurar espacios concretos para ello. Entiende la filosofía como forma de vida y estudia la incidencia de estos aspectos, en especial, en la filosofía contemporánea.

Profesor del "Instituto de Estética y Teoría de las Artes", desde el curso 1989-90 hasta 1995 ininterrumpidamente. Invitado a los seminarios del Centre Michel Foucault, Bibliothèque du Saulchoir de París, donde se encuentran, en la bibliografía especializada, los textos que ha publicado sobre Foucault. Miembro del equipo de docencia e investigación del Programa de Tercer Ciclo sobre Fenomenología y Hermenéutica, entre siete Universidades europeas, de la red Erasmus. Ha intervenido en múltiples ocasiones en los Congresos Internacionales del Seminario Edad de Oro (UAM.). Coordinador y Director del Programa Internacional de Tercer Ciclo "Decir y no decir: el sujeto implicado". Ha sido presidente de CRUCE, Asociación de Arte y Pensamiento Contemporáneos, de 1994 a 1997. Es miembro del Comité Asesor de diversas revistas (Azafea, Semiosis Ilimitada, Sileno).

Entre sus publicaciones, se encuentran los siguientes libros:

Dilthey: Vida, expresión e historia, Ed. Cincel, Madrid, 1988.
El discurso en acción (Foucault y una ontología del presente),Anthropos, Barcelona, 1990,
Trazos del eros. Del leer, hablar, y escribir, Tecnos, Madrid, 1997,
Menos que palabras, Alianza Editorial, Madrid, 1999,
La vuelta del otro. Diferencia, identidad y alteridad, Trotta/U.A.M, Madrid, 2001,
Mortal de necesidad. La filosofía, la salud y la muerte, Adaba Ed., Madrid 2003.
Alguien con quien hablar, Aguilar, Madrid 2007

Presidente de la Conferencia de Rectores de las Universidades Españolas (CRUE), es co-Presidente de la Fundación Parque Científico de Madrid, co-Presidente de la Fundación UAM-EL PAÍS, Vicepresidente de la Fundación Universidad-Empresa y Miembro del Consejo de Administración y de la Comisión Ejecutiva de Portal Universia, S.A, y ha sido Presidente de la Conferencia de Rectores de las Universidades de Madrid (CRUMA) de 2004 a 2006.

Ha recibido la Medalla de la Casa de Velásquez (2003), la Condecoración de la Orden de Bernardo O’Higgins en el Grado de "Gran Cruz" otorgado por el Presidente de la República de Chile (2004) y el nombramiento de "Officier dans l’Ordre des Palmes Académiques" del Ministère de L`Education Nationale de L`Enseignement Supérieur et de la Recherche de la République Française (2004).

Ministro de Educación desde abril de 2009 hasta diciembre de 2011.