Licenciado en Derecho (1985-1990). Segundo lugar en la convocatoria de premio extraordinario por la Universidad de Zaragoza. Colegial del colegio mayor César Carlos.

En 1994 ingresa en el Cuerpo de Abogados del Estado, desempeñando su carrera profesional como Abogado del Estado en Barcelona, desde 1994 a 1999, llegando a ser Abogado del Estado Jefe de la Agencia Tributaria de Cataluña.

En 1999 fue nombrado director de la Asesoría Jurídica y Fiscal de Bankinter, S.A. y con posterioridad asumió la secretaría del consejo de administración de Gesbankinter, S.A.

Ocupa el cargo de director general de Comunicación, Marketing Corporativo y Estudios del Banco Santander desde julio de 2001. En diciembre de 2016, fue nombrado, además, vicepresidente del consejo de Santander España. Es miembro del Comité de Estrategia y del Comité de Cultura del Grupo.

Juan Manuel Cendoya es vocal del consejo de la Asociación Española de Banca (AEB) desde 2017 y, como tal, interventor de cuentas de la AEB desde 2018, así como vocal de la asamblea general de la CEOE, en ambos casos en representación de Banco Santander. Es, asimismo, miembro del consejo de administración de Universia, sociedad que agrupa a más de 1.000 universidades de España, Portugal e Iberoamérica. También es consejero de Arena, compañía dedicada a la compra de espacios publicitarios y asesoramiento estratégico en comunicación.

Es miembro del patronato de la Fundación Banco Santander, que desarrolla una importante labor de mecenazgo, y del patronato de la Fundación General de la Universidad Complutense de Madrid.

Es miembro de la junta directiva de AMRE (Asociación de Marcas Renombradas Españolas).

Le fue otorgado el Premio Vocento a la Trayectoria en Comunicación en 2009 y es el único dircom español que ha figurado varios años consecutivos en “The influence 100”, la lista de los 100 dircom más influyentes del mundo, según el estudio realizado por las prestigiosas consultoras internacionales Edelman, Burson-Marsteller, ChandlerChicco Companies y Weber Shandwick, que también le han incorporado a la selecta lista de dircoms que han logrado ir más allá de la función de comunicación al asumir también importantes responsabilidades de negocio dentro de sus organizaciones.

Ha sido profesor del IESE, colaborador del IE y autor de distintas publicaciones y artículos.