Nace Madrid, el 13 de septiembre de 1945, en el seno de una familia de la alta burguesía de origen levantino. Hijo y nieto de una saga de empresarios ilustrados y de tradición profundamente católica. Estudia Bachillerato en el Colegio de los Jesuitas de Madrid, que marcará, en gran medida, su carácter humanista y emprendedor. Culmina después los estudios de Ingeniero Industrial y se especializa en Química, en la Escuela Técnica Superior de Ingenieros Industriales de Madrid, formación que completará, simultáneamente, con varios cursos de Ciencias Económicas, para dar satisfacción a sus ya crecientes inquietudes. El profesor y emergente político Gregorio Peces-Barba será quien le introduzca en el selecto círculo de la revista política Cuadernos para el Diálogo, de cuya Editorial llegará, más tarde, a ser Gerente (1976-1978) y en el Partido Socialista Obrero Español (PSOE) estando aún en la clandestinidad.

La carrera profesional de Gómez-Navarro empieza en 1971, año en el que ingresa en la empresa petroquímica Alcudia. Después y durante el período 1972-1975 desarrolla sus tareas profesionales en la consultora Fraser Española S.A. especializada en el sector energético y minero. Su paso por esta empresa determinarán sus amplios conocimientos sobre este sector ya que intervendrá, activamente, en los estudios de planificación energética y minera, encargados por el entonces Ministerio de Industria y colaborará, de forma especial, en la elaboración del primer Plan Energético Nacional (PEN) Además, el espíritu emprendedor e inquieto del joven ingeniero Gómez-Navarro le llevará, entre los años 1978 y 1982 a ser editor y principal accionista de la publicación Viajar, primera revista de viajes de España. De igual forma, su nunca olvidado compromiso político y social le impulsa en 1979 a participar, junto a la familia Varela-Ortega, en la creación de la Fundación Ortega y Gasset, de la que fue nombrado Director Gerente hasta 1982 y de la que aún hoy sigue siendo patrono.

En 1980, su declarada pasión por los viajes y el turismo, le anima a idear y poner en marcha, en el ámbito de la Institución Ferial de Madrid (Ifema) la Feria Internacional del Turismo (Fitur) que codirige hasta 1983 y a cuya junta directiva pertenece hasta el año 2000. Fitur se ha convertido hoy una de las principales muestras turísticas del mundo. En Enero de 1983 es nombrado Presidente-Director general de Viajes Marsans S.A. cargo que desempeña hasta finales de 1986. A lo largo de estos años sanea y reestructura la empresa y capitanea la privatización de la misma, ganándose así un unánime reconocimiento como directivo y gestor eficaz en los ámbitos económicos y empresariales del país.

En 1984, su ánimo emprendedor le hace participar en la constitución del Club de Empresarios y en 1986 es elegido como su primer Presidente, año en el que impulsará, también, la creación de la compañía aérea Spanair, proyecto coparticipado por Marsans y la compañía escandinava SAS.

A principios de 1987, Javier Gómez-Navarro es llamado a desempeñar sus primeros compromisos de Gobierno, al ser nombrado Secretario de Estado-Presidente del Consejo Superior de Deportes y asumir así la responsabilidad de la organización de los Juegos Olímpicos de Barcelona 92, cargo en el que permanecerá hasta Julio de 1993. Son muchos los que afirman hoy que existe un antes y un después del Deporte Español tras el paso de Gómez-Navarro. Durante su gestión acomete su profunda reforma con la elaboración de la Ley del Deporte (10/1990), que será la base y el referente de los grandes éxitos deportivos futuros, conquistados por España, en todas sus modalidades, tras los Juegos Olímpicos de Barcelona. Notables también serán los cambios organizativos que se operan en las distintas Federaciones y la mejora de sus mecanismos de financiación, así como los novedosos aires que propiciará la creación de las Sociedades Anónimas Deportivas. Igualmente, promueve la constitución del Comité Organizador Olímpico Barcelona 92 (COB 92) del que será Vicepresidente y constituye la Asociación de Deportes Olímpicos 92 (ADO 92) que presidirá hasta 1993. En estos cometidos desempeñará un papel fundamental en todos los aspectos de los Juegos: organizativos, inversores, deportivos y políticos. Pero este es sólo el comienzo de su intensa vida pública.

En Julio de 1993, el entonces Presidente del Gobierno, Felipe González, le encomienda la cartera ministerial de Comercio y Turismo. Hasta mayo de 1996, desarrolla una profunda renovación de la Administración Turística y Comercial de España, adaptándolas a las nuevas realidades de los mercados internacionales. De acuerdo con este compromiso de renovación impulsa el Plan Marco de Competitividad del Turismo Español, "Plan Futures", para reformar la actividad turística española, además de conseguir rebajar los impuestos del sector y comenzar el desarrollo de la innovación en el mismo. A lo largo de este tiempo dirige el cambio total de los Estudios Turísticos, integrándolos en la Universidad. Como dato objetivo, conviene recordar que durante el período 1994-1996 se batieron todos los records de ingresos turísticos en España.

Así mismo, fue el auténtico motor de la Ley de Ordenación del Comercio Minorista (7/1996), que regula este tipo de actividad en España y que estableció las bases de la renovación y modernización del sector de la distribución comercial. Desde 1993 y hasta 1996 es designado, por España, Gobernador en el Banco Interamericano de Desarrollo (BID) en el Banco Asiático de Desarrollo (BAD) en el Banco Africano de Desarrollo (BAD) y en la Agencia Multilateral de Garantía de Inversiones.

A partir de 1996 y hasta 2005, retoma su actividad como empresario, en la que desarrolla su trabajo como consultor y asesor del BID, así como de importantes grupos empresariales españoles y de administraciones turísticas de numerosos países iberoamericanos.

En Febrero de 2005 es nombrado Presidente del Consejo Superior de Cámaras Oficiales de Comercio, Industria y Navegación de España, puesto para el que fue reelegido en Julio de 2006 hasta 2010 y desde el que pone en marcha una escalonada adecuación de la red cameral española a la realidad económica actual. En sintonía, también, con esta dilatada carrera empresarial, desde Abril de 2005 es Presidente de Aldeasa S.A. y forma y ha formado parte de los Consejos de Administración de importantes empresas como Altadis S.A. Ibérica de Diagnóstico y Cirugía S.A. Mbd- Gestión y Desarrollo de Negocios S.A. Securitas Seguridad España S. A., Técnicas Reunidas, Sogecable, Isolux-Corsan, Expociencia S.A y Pullmantur S.A. entre otras importantes compañías. En abril de 2008, ha sido nombrado también consejero de Autogrill Italia.

Viajero y coleccionista impenitente de libros, sobre todo de viajes, posee una de las más importantes colecciones de España. Es miembro de la Junta Directiva de la Sociedad Geográfica Española desde 1997, de la que es Editor de su Boletín y Presidente de su Fundación, así como de la Junta Directiva de la Real Sociedad Geográfica. En diciembre de 2007 fue elegido, a propuesta del Ministerio de Cultura, patrono de la Fundación del Teatro Real de Madrid. Su faceta de comunicador incansable, y, en algunos casos, de polemista, sobre todo en temas relacionados con la economía, las empresas y el turismo, le ha llevado a atender e impartir lecciones magistrales y conferencias en prestigiosos foros económicos, empresariales y universitarios de toda España y en más de 25 países del mundo.

Casado y con una hija, se encuentra en posesión de numerosas condecoraciones españolas e internacionales entre las que destacan las grandes Cruces de Carlos III, Del Mérito Civil de España y Del Mérito Deportivo, al Mérito Turístico Español, de la Orden del Mérito de Francia, en su máxima categoría, de la Orden Olímpica de Oro y del Cóndor de los Andes de Bolivia, entre otros públicos reconocimientos.