Xabier Aguirre nació el 8 de abril de 1951 en Vitoria. Técnico administrativo de profesión, trabajó en la Caja de Ahorros de Vitoria, hasta que comenzó su trayectoria política en el Partido Nacionalista Vasco. Habla castellano y tiene conocimientos de francés y euskera.

Vinculado al PNV desde la década de los setenta, de 1983 a 1987 fue presidente de este partido en Alava, y secretario portavoz del Euskadi Buru Batzar. En 1987 fue elegido procurador de las Juntas Generales, donde permaneció hasta 1989.

En 1990 fue nombrado viceconsejero de Interior del Gobierno vasco, puesto que ocupó hasta 1999, siempre a las órdenes del consejero Juan María Atutxa. Como viceconsejero, el 27 de abril de 1990 fue nombrado miembro de la Junta de Seguridad del País Vasco, en representación del gobierno autónomo. Tras abandonar Interior, ocupó brevemente en 1999 un cargo como asesor del Departamento de Agricultura del Gobierno Vasco.

El 13 de junio de 1999 se convirtió de nuevo en Procurador de las Juntas Generales de Alava, cargo que ocupó hasta el 2003. De 1996 al 2000 fue de nuevo miembro del Araba Buru Batzar, y desde el 29 de enero de ese año 2000 hasta el 2004 formó parte de nuevo del Euskadi Buru Batzar, órgano para el que también fue elegido en enero de 1988. En octubre del año 2004 accedió a un escaño en el Parlamento Vasco en sustitución de Emilio Olabarria.

Se presentó en la lista del PNV de Alava como candidato en las elecciones autonómicas del 17 de abril de 2005, pero no salió elegido. Accedió en octubre de ese mismo año al Parlamento vasco de nuevo, esta vez en sustitución del consejero de Interior Javier Balza.Es miembro de cinco comisiones parlamentarias, en todas como vocal: la de Instituciones e Interior; Incompatibilidades; Derechos Humanos; Sanidad; y Control de gastos reservados.

El 24 de octubre del 2006 fue propuesto como candidato del PNV a diputado general de Alava. Tras las elecciones se convirtió en diputado general.