(Madrid, 1953) es licenciada en Medicina y Cirugía y especialista en Puericultura y Medicina Familiar y Comunitaria. La nueva consejera de Economía y Hacienda desempeñaba desde abril de 2004 el cargo de viceconsejera de este departamento.

Entre 2000 y 2004, Carmen Martínez Aguayo fue directora gerente de la Fundación Progreso y Salud, adscrita a la Consejería de Salud, puesto desde el que impulsó la coordinación de la atención sanitaria a inmigrantes y el despliegue operativo de los proyectos de investigación en Terapia Celular y Medicina Regenerativa. Anteriormente, en el ámbito sanitario también ocupó diversos cargos de responsabilidad, como los de directora gerente del Servicio Andaluz de Salud (1996-2000), directora general del Insalud (1994-96) y subdirectora general de Atención Especializada del Insalud (1993-94).

Como viceconsejera de Economía y Hacienda, Carmen Martínez Aguayo ha destacado por la incorporación de la perspectiva de género a la realización de los presupuestos de la comunidad, para lo cual creó y presidió la Comisión de Evaluación de Impacto de Género en las cuentas autonómicas.