Nacido el 10 de enero de 1950 en Santander (Cantabria).

Tras licenciarse en Derecho, en 1980 ingresó en la carrera diplomática. Entre otros destinos y ocupaciones,  Fernández-Castaño ha trabajado en la Misión de España ante las Comunidades Europeas, ha sido subdirector general de Coordinación Comunitaria y relaciones Institucionales, director de gabinete del secretario de Estado para las comunidades europeas y secretario de Estado para la Unión Europea.

En 1996 fue nombrado embajador de España en Australia y en 2001, embajador de España en la República Argelina Democrática y Popular.

Desde mayo de 2004 era director general de relaciones económicas internacionales del Ministerio de Asuntos Exteriores y Cooperación hasta diciembre de 2005 en que fue nombrado comisario general.