Mikel Buesa es patrono de la Fundación para la Libertad. Entre junio de 2005 y septiembre de 2007 presidió, con una activa participación, la asociación cívica Foro de Ermua, entidades ambas cuyo fin es promover el trabajo intelectual y político destinado al combate contra el terrorismo y a la recuperación de la libertad en el País Vasco.

En las elecciones municipales de 2007, formó parte de la candidatura del Partido Popular por Vitoria, en un puesto "de apoyo", sin posibilidad de resultar elegido como concejal. En palabras de los responsables del PP en Álava, su presencia en las listas se habría debido a que entendía "que la mejor manera de defender la libertad es a través de las candidaturas del PP". Buesa manifestó que su presencia en la candidatura se había debido a que el PP era "la única alternativa a la política antiterrorista y a los pactos con el nacionalismo del Gobierno del PSOE y del señor Rodríguez Zapatero".

Debido a las posiciones enfrentadas que mantenía como presidente de dicho Foro, y mantiene después de su abandono del cargo, contra el gobierno de José Luis Rodríguez Zapatero es acusado por éste, por sus medios afines y por otras formaciones políticas españolas de afinidad política con el PP.

Desde septiembre de 2007, se ha involucrado como promotor en la creación del partido político español Unión, Progreso y Democracia. En las elecciones generales españolas de 2008 será número dos al Congreso por Madrid, precedido por Rosa Díez, por UPyD.